Nedelja, 27. 9. 2020, 14.45
4 leta, 2 meseca
Obiskali smo laboratorij, kjer poteka analiza testov na novi koronavirus #foto #video
Termometer prikazuje, kako vroč je članek.
Termometer prikaže, kako vroč je članek.
2,89
8
Odvzete nosnožrelne brise, s katerimi se ugotavlja, ali bolnik boleha za novim koronavirusom ali ne, analizirata dva laboratorija v državi, in sicer Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) ter Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH). Slednji nam je odprl svoja vrata, zaposleni pa so nam razložili in pokazali analizo brisov na novi koronavirus.
Laboratorij za javnozdravstveno virologijo na Bohoričevi 19, ki deluje v okviru NLZOH, zadnje tedne dela s polno paro. Kolesje tam se vrti od sedme ure zjutraj pa do 20. ure zvečer. "Dnevno nas dela običajno sedem, dve mikrobiologinji in tehniki. Prihajamo postopoma, da najbolj ustrezno zadostimo potrebam. Med 12. in 15. uro smo običajno vsi, saj je takrat največ dela. Dan zaključi en zaposlen ali dva," pojasni mag. Katarina Prosenc Trilar.
Laboratorij za javnozdravstveno virologijo sicer prvotno ni namenjen diagnostiki, a se je v času epidemije novega koronavirusa zaradi velikih potreb vključil v diagnostično testiranje. Zaradi tega pa ostale naloge laboratorija niso kar izginile in se jih še vedno trudijo opravljati po najboljših močeh.
V laboratoriju NLZOH opravijo približno 45 odstotkov vseh testiranj na novi koronavirus v državi.
V laboratoriju NLZOH opravijo nekaj manj kot polovico vseh testiranj v državi
Laboratorij NLZOH opravi približno 45 odstotkov vseh testiranj na novi koronavirus v državi, večino preostalih naredi IMI. Za klasično preiskavo brisa na prisotnost virusa sars-coc-2 velja, da ta traja od štiri do šest ur. Drugačen protokol velja za nujne primere, torej za življenjsko ogrožene. Pri teh uporabljajo v laboratoriju hitre molekularne teste, ti omogočajo rezultat v največ dveh urah. Kljub nepopisni gneči v zadnjih tednih, ko se na dan v Sloveniji testira tudi po 3000 ljudi in več, se trudijo izvid analize izdati znotraj 24 ur od sprejema vzorca v laboratorij.
Tisti, ki delajo z odvzetimi vzorci, morajo seveda biti pri svojem delu ves čas ustrezno zaščiteni in se držati strogih protokolov. "Enako kot pri delu z drugimi potencialno kužnimi materiali se tudi tukaj zaščitimo: uporabljamo zaščitna oblačila, masko, laboratorijske rokavice, delo pa poteka v komori za varno laboratorijsko delo," pojasni Katarina Prosenc Trilar.
Kako je dejansko poteka analiza odvzetih brisov?
Vzorce z vstopnih točk, kjer potekajo odvzemi brisov, do laboratorija prinese kurir. Testiranja opravijo po vrstnem redu, kot ga prejmejo z vstopne točke.
"Vzorce – brise moramo najprej razvrstiti, oštevilčiti in vnesti v laboratorijski informacijski sistem," začetek celotnega postopka pojasni sogovornica. In poudarja, da je, tako kot pri vseh diagnostičnih postopkih, izjemno pomembno, da vzdržujejo sledljivost, so skrbni pri oštevilčenju, označevanju.
Tisti, ki delajo z odvzetimi vzorci, morajo biti pri svojem delu ustrezno zaščiteni in se držati strogih protokolov.
Za tem sledi priprava vzorca na obdelavo. "Brisu dodamo ustrezno tekočino in ga dobro pretresemo na mešalniku, da z brisa v tekočino odplakne celice nosnožrelnega predela. Del tekočine odvzamemo in jo pripravimo za ekstrakcijo nukleinskih kislin. Ekstrakcija poteka v aparatih, lahko pa tudi ročno. Ekstrahirano nukleinsko kislino prenesemo v reakcijsko mešanico za verižno reakcijo s polimerazo – angleški izraz je Polymerase Chain Reaction, od tod tudi kratica PCR. V tej reakciji ugotavljamo, ali je v ekstraktu prisotna nukleinska kislina virusa sars-cov-2," podrobno razloži Prosen Trilarjeva. "To nam omogočajo posebne sonde (lovke) in fluorescentna barvila, ki so poleg drugih reagentov v reakcijski mešanici. Reakcija poteka v posebnem aparatu. Rezultate odčitamo na računalniku kot meritve fluorescence, ki jih je podal aparat."
Pri verižni reakciji s polimerazo je sicer zelo pomembno, da priprava reagentov poteka povsem ločeno od ekstrakcije nukleinskih kislin in od same izvedbe omenjene verižne reakcije s polimerazo, da ne bi prišlo do kontaminacije vzorcev.
Čas testiranja pogojujejo naprave, ki jih uporabljajo za analiziranje vzorcev, še pove sogovornica: "Različne naprave za ekstrakcijo in za PCR oziroma kar združene naprave pogojujejo čas testiranja. Katere naprave bomo uporabili v določenem primeru, pa je odvisno od števila vzorcev, ki prispejo v eni seriji, in od razpoložljivosti reagentov. Dobava reagentov je v času kroženja sars-cov-2 namreč nestabilna."
Celoten postopek analiziranja odvzetih brisov na koronavirus si lahko po korakih v obliki fotozgodbe ogledate spodaj.
Vzorci oziroma brisi nosnožrelnega predela.
Številčenje vzorcev.
Na naslednjih nekaj fotografijah so prikazani postopki priprave vzorcev za ekstrakcijo nukleinskih kislin.
Aparati za ekstrakcijo nukleinskih kislin.
Na levi še enkrat aparati za ekstrakcijo nukleinskih kislin, desno od njih centrifuga.
Shranjevanje vzorcev ...
... ki poteka pri minus 70 stopinjah Celzija.
Priprava reakcijske mešanice za verižno reakcijo s polimerazo (PCR - Polymerase Chain Reaction).
Naprava za verižno reakcijo s polimerazo (s kratico PCR).
Vzorci v nosilcu za PCR.
Vnos podatkov.
8