Sprehod do polfinala in loterija v Madridu

Bavarci so v ligo prvakov preko Züricha vstopili skozi kvalifikacije. Žreb jih je uvrstil v najtežjo skupino, a je kljub temu prepričljivo osvojil prvo mesto v družbi Napolija, Manchester Cityja in Villarreala. Bayern sta med drugim premagala Manchester City, takrat so Münchenčani igrali v oslabljeni postavi, in presenetljivo Basel, ki je izločil celo Manchester United. Najvišjo zmago so dosegli prav proti Švicarjem.

Najbolj pomembna zmaga Bayerna doslej je bila dosežena proti Realu v Münchnu. Priboril jo je Mario Gomez ob izteku tekme. Bayern, ki tudi v tej sezoni ni osvojil nemškega naslova (Borussia Dortmund ga je premagala tudi v finalu pokala), je v Madridu zaostajal že za dva zadetka, a kljub temu po golu Arjena Robbna z bele točke izsilil podaljške in kasneje preko enajstmetrovk prišel v finale. Eden junakov je bil Manuel Neuer, Bayern pa je kot prvi klub prišel do finala na svojem štadionu, kjer bo skušal še petič postati evropski prvak.