Torek, 14. 7. 2020, 15.11
4 leta, 5 mesecev
Projekt COVID.SI z močno računalniško okrepitvijo
Z zmogljivimi računalniki hitreje na poti do zdravila za covid-19
Termometer prikazuje, kako vroč je članek.
Termometer prikaže, kako vroč je članek.
0,34
1
Na poti do zdravila lahko zelo pomagajo tudi velike računalniške zmogljivosti podatkovnih središč.
Slovenski projekt, s katerim računsko ugotavljajo primernost določenih spojin pri razvoju zdravila proti bolezni covid-19, je ob mnogih prostovoljcih, ki so podarili računalniške zmogljivosti svojih domačih in službenih računalnikov, dobil pomembno infrastrukturno pomoč.
Odprti projekt Skupnostna znanost in boj proti koronavirusu domuje na spletnih straneh covid.si in združuje raziskovalce in prostovoljce, ki s svojim delom, znanjem in izkušnjami želijo prispevati kamenček v mozaiku poznavanja novega koronavirusa in bolezni covid-19, ki jo ta virus povzroča.
Vodita ga dr. Črtomir Podlipnik in dr. Marko Jukić, ki imata dolgoletne izkušnje s področja računalniško podprtega načrtovanja molekul, farmacevtske kemije ter kemo- in bioinformatike.
Zahtevane velike procesorske zmogljivosti
V okviru tega projekta analizirajo kemijski prostor, ki bi ga lahko uporabili pri razvoju zdravil za covid-19, za kar so ključnega pomena računalniške zmogljivosti.
Velik veter v hrbet pri tem bo fakultetama za kemijo in kemijsko tehnologijo ljubljanske in mariborske univerze zagotovil dostop do Microsoftovih podatkovnih središč in računalniške zmogljivosti Microsoftove platforme v oblaku Azure, ki jih je Microsoft daroval v okviru svojega petletnega programa Microsoft AI for Health za podporo neprofitnim pobudam, raziskovalcem in organizacijam na področju javnega zdravja. Skupna vrednost tega projekta je okrog 54 milijonov evrov.
Tudi vaš računalnik lahko sodeluje
Pri teh izračunih lahko sodeluje tudi vsak posameznik, ki si na svoj računalnik namesti pripadajočo programsko opremo, s katero svoje proste računalniške zmogljivosti usmeri v te izračune.
K izračunom, ki bi lahko pripeljali do razvoja zdravila proti bolezni covid-19, lahko prispeva vsak osebni ali prenosni računalnik.
K temu distribuiranemu računalništvu bo zdaj pomembno prispevala tudi platforma v oblaku Microsoft Azure, ki je dostopna v 140 državah sveta, tudi v Sloveniji, in omogoča razvoj, uvedbo in upravljanje pametnih aplikacij in storitev s svetovnim omrežjem podatkovnih središč. Del platforme je tudi več kot sto varnih in energetsko učinkovitih podatkovnih središč, povezuje pa jih skoraj 210 tisoč kilometrov optičnih in podmorskih povezav.
Kako pravzaprav iščejo
Osnova teh izračunov je virtualno rešetanje ogromnih knjižnic kemijskih spojin na osnovi molekulskega sidranja – neke vrste tridimenzionalnega tetrisa prileganja oblik in interakcij. Kot so pojasnili, tako iščejo najboljše zaviralce potencialnih terapevtskih proteinskih tarč virusa sars-cov-2, končni cilj pa je identifikacija spojin vodnic, ki bi jih v postopku nadaljnje optimizacije razvili v učinkovita protivirusna zdravila zoper covid-19.
Del platforme Azure je tudi več kot sto varnih in energetsko učinkovitih podatkovnih središč, povezuje pa jih skoraj 210 tisoč kilometrov optičnih in podmorskih povezav.
Prav uporaba distribuiranega računanja daje projektu pomembno izvedbeno in družabno noto, saj se lahko tej obliki boja proti novemu koronavirusu pridruži prav vsak s prostimi zmogljivostmi svojega osebnega ali prenosnega računalnika.
Odziv je presegel pričakovanja, saj so do zdaj uspešno sidrali že prek pol milijona paketov po tisoč različnih konformacij spojin.
1